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无菌室一般为4-5平方米、高 2.5 米的独立小房间（与外间隔离），专辟于微生物实验室内，可以用板材和玻璃建造。无菌室外要设一个缓冲间，错开门向，以免气流带进杂菌。无菌室和缓冲间都必须密闭、室内装备的换气设备必须有空气过滤装置。在获得了无菌环境和无菌材料后，只有保持无菌状态，才能对某种特定的已知微生物进行研究。
无菌室一个应用行业非常广泛的基础性配套产业，在电子信息、半导体、光电子、精密制造、医药卫生、生物工程、航天航空、汽车喷涂等众多行业均有应用，并根据行业的精密与无尘要求，等级差别也较大。
级别最高的当属航天航空的航空仓，基本是属于1级，属于特殊领域，面积相对较小。
另外对级别要求较高的是生化实验室和高精纳米材料生产车间，物联网芯片的发展将是未来需求的一大方向。
随着电子元器件向微小化方向发展，液晶面板已经升级至第八代，行业需求非常巨大。
无菌室空气净化工程是属于生物净化工程的一种，一般无菌室要求的洁净度为万级，标准的微生物检测实验室都会专门开辟5~8个平方出来建造无菌室，无菌室只要够放置实验室样品及必需的设备即可，面积无需过大而造成浪费，面积过大对于做无菌室空气净化工程来说不仅仅是提高建造成本而已，日后的运行及维护费用也会高的令人惊讶。一般微生物检测按照实验室行业要求都需要在无菌室中进行，很多食品菌、微生物等都是在超净工作台中完成检测和化验的。
社会科技发展，国家越来越重视食品安全问题，无菌室空气净化工程也在不断的普及。有了无菌室净化工程，将超净工作台放置于无菌室内操作，使实验环境更加洁净，实验样品不易于被污染。
无菌室内配置了百级超净工作台也并不是所有细菌都可以进行实验的，一般常规的菌落总数、微生物培养、血细胞培养、研究、干细胞研究、大肠菌等实验可以在百级超净台进行。但是如果需要做致病细菌，为了达到保护实验室人员的安全问题，就必须得建造生物安全实验室，使用生物安全柜进行实验。该类实验不能在普通的无菌实验室中进行。
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