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为了保证食品的安全性，食品加工企业通常都会设置配套的食品无菌房，防止细菌的进入或滋生。但并非有了食品无菌房就万无一失了，还是有很多需要注意的操作事项。
既然是食品无菌车间就要严格执行无菌操作的规范，防止微生物污染，比如说操作人员进入无菌车间之前要先关掉紫外灯。同时还要在食品无菌车间中设置专门的无菌操作间和缓冲间，不管是洁净度还是温湿度，都要符合相应的要求。
工作期间要使食品无菌车间保持清洁，严禁堆放杂物以防污染；并且严防一切灭菌器材和培养基污染，对于已经受到污染的器材都要停止使用，以保证无菌车间的洁净度符合要求。
对于一切需要带入食品无菌车间的仪器、器械、平皿等物品，都要经过严密包扎并经过适宜的方法灭菌之后才能带入；而工作人员进入食品无菌车间前，必须要求用肥皂或消毒液洗手消毒，然后在缓冲间更换专用工作服、鞋、帽子、口罩和手套后才能进入进行操作。
食品无菌车间生产而成的供试品在检查前，应保持外包装完整，不得开启，以防污染，而且在检查前要用70%的酒精棉球消毒外表面。凡带有活菌的物品必须经消毒并在水龙头下冲洗，否则有可能会污染到食品无菌车间的下水道。
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